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云南农业大学在生物资源数字化方面取得巨大成果 完成全球最大型葡萄属植物基因组学数据库

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  本站消息 近日,国际知名期刊Molecular Plant在线发表了来自云南农业大学董扬教授课题组题为“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研究论文(DOI:https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.05.002),标志着我国在葡萄属植物功能基因组学数据库建设方面取得重要进展。该成果为植物学家开展葡萄属植物比较基因组学分析与葡萄遗传育种提供了有力的在线分析工具。


  葡萄是世界上最古老的果树树种之一,葡萄(Vitis vinifera ssp.vinifera)是葡萄属中栽培最多的水果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史,也严重阻碍了葡萄的性状改良。


  VitisGDB的构建和功能介绍


  随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累,研究者迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具,对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。为此,董扬教授和盛军教授、中科院植物研究所李绍华教授合作,共同构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB(http://vitisgdb.ynau.edu.cn/)。截至目前,VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果;收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息;预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点(SNP)以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。论文在同行评议中,国际著名葡萄研究工作者给予极其高度的评价,认为该数据库是葡萄遗传资源领域类目前最全面和易用的数据库。该数据的上线,是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库,为葡萄这种“一带一路”典型作物的协同研究提供了重要的工具。


  云南生物资源保护与利用国家重点实验室研究董扬教授团队董笑和陈玮教授为论文共同第一作者,盛军教授和李绍华教授为论文的共同通讯作者。该工作得到了云南省农业厅的项目资助。


  来源:云南农业大学

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